В рамках проводимых в Республике структурных реформ Государственный комитет Азербайджанской Республики по экологии и контролю за использованием природных ресурсов, Государственный комитет Азербайджанской Республики по геологии и минеральным ресурсам, Государственный комитет Азербайджанской Республики по гидрометеорологии и Производственное объединение «Азермешэ», деятельность которых охватывала отдельные направления в сфере охраны окружающей среды и использования природных ресурсов и во многом дублировалась, были упразднены Указом Президента Азербайджанской Республики от 23 мая 2001 года № 485, и на базе Государственного комитета по экологии и контролю за использованием природных ресурсов и Государственного комитета по геологии и минеральным ресурсам было создано Министерство экологии и природных ресурсов Азербайджанской Республики. Указом Президента Республики от 18 сентября 2001 года № 583 было утверждено «Положение о Министерстве экологии и природных ресурсов Азербайджанской Республики».
Согласно данному Положению, Министерство экологии и природных ресурсов является центральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственную политику в области охраны окружающей среды, организации природопользования, рационального использования подземных вод, запасов минерального сырья и надземных природных ресурсов, их восстановления, наблюдения и прогнозирования гидрометеорологических процессов на территории Азербайджанской Республики, в том числе в части Каспийского моря (озера), принадлежащей Азербайджанской Республике.
Согласно данному Положению, Министерство экологии и природных ресурсов является центральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственную политику в области охраны окружающей среды, организации природопользования, рационального использования подземных вод, запасов минерального сырья и надземных природных ресурсов, их восстановления, наблюдения и прогнозирования гидрометеорологических процессов на территории Азербайджанской Республики, в том числе в части Каспийского моря (озера), принадлежащей Азербайджанской Республике.